Maltas ordeņa vēsture ir izsekojama līdz Hospitāliešu brālības izveidošanai Pirmā Krusta kara pirmsākumos, bet militārais ordenis Palestīnā izveidojās laikā no 1126. līdz 1140. gadam. Šajā laikā organizāciju sāka dēvēt gan par Hospitāliešu ordeni, gan par Sv. Jāņa ordeni (Joanītu ordeni). Pēc 1307. gada Hospitāliešu ordenis iebruka Bizantijas impērijai piederošajā Rodas salā un pēc vairāku gadu karadarbības to anektēja, uz salu tika pārcelts Ordeņa konvents. 1530. gadā Sv. Romas impērijas imperators Kārlis V nodeva Jeruzalemes Svētā Jāņa hospitāļa bruņinieku ordenim Maltas arhipelāgu. Vēl pirms Napoleona karu sākuma 1798. gadā Francijas kara flote Napoleona Bonaparta vadībā padzina ordeni no Maltas. Par Ordeņa Protektoru īslaicīgi kļuva Pāvils I, kas parakstīja rīkojumu par Maltas salas uzņemšanu Krievijas Impērijas aizsardzībā. 1831. gadā Ordeņa galvenā rezidence tika pārcelta uz Romu. 20. gadsimtā Ordenis pilnībā pārorientējās uz medicīnisko palīdzību un labdarību, kas nodrošināja tam starptautisku atbalstu.

Maltas ordeņa Krakdeševaljē drupas mūsdienās

Pēc viena uzskata ap 1070. gadu kāds bruņinieks Žerārs (Gerard) ar domubiedriem Jeruzalemē izveidojis hospitāli, pie esošā Svētceļnieku nama, lai varētu sniegt medicīnisko palīdzību svētceļniekiem, kuriem tā būtu nepieciešama. Pēc cita uzskata ap 1080. gadu hospitāli pie Jeruzalemes Sv. Jāņa Kristītāja baznīcas dibinājis tirgotājs di Mauro no Amalfi pilsētas (mūsdienu Itālijā).

Teitoņu ordeņa oficiālais historiogrāfs Gijs Seintijs (Guy Stair Sainty) savos darbos min, ka pēc tam kad 1099. gada 15. jūlijā krustneši iekaroja Jeruzalemi, kāds Žerārs Svētītais (Gerard Beatified) no Martikas (Martigue) Provansā, jau esot vadījis Jeruzalemē hospitāli (tāpēc bieži šis gads tiek pieņemts kā ordeņa tapšanas gads). Hospitālis bijis sadalīts divās daļās — vīriešu daļa veltīta Sv. Jānim Kristītājam, bet sieviešu daļa veltīta Sv. Marijai Magdalēnai, — savukārt pats hospitālis juridiski bijis pakļauts benediktīniešu Sv. Latīņu Marijas abatijai (angl. Abbot of Santa Maria Latina). Kā jau daudzkonfesionālā lielpilsētā, medicīniskā palīdzība sniegta visiem, kam tā bija nepieciešama, neatkarīgi no to reliģiskās piederības. Hospitāļa ārsti, izglītību guvuši pie labākajiem tā laika ārstiem Palestīnā (musulmaņu pasaulē tolaik medicīna bija attīstīta daudz augstākā līmenī, nekā Eiropā), ļoti īsā laikā nostiprinājās finansiāli un autoritatīvi, un jau visai drīz pēc tam, kad krustneši bija ieņēmuši pilsētu, atdalījās no abatijas, izveidojot no laicīgas mediķu grupas mūku kopienu un par savu aizgādni Sv. Benedikta vietā izvēloties Svēto Augustīnu. Šajā laikā kopienai pievienojās grupa krustnešu, kurus vadīja Raimonds d'Puī (Raymond du Puy) no Provansas (pēc Žerāra nāves kopienas mestrs).

1107. gadā Jeruzalemes Karalistes karalis Balduins I apstiprināja jaunizveidoto kopienu par mūku brālību (angl. Brotherhood) un piešķīra tai lēnī zemi, uz kuras atradās hospitālis. Organizācija pārtapa par reliģisku kongregāciju, pieņemot augustīniešu solījumu (nabadzība, tikumība, paklausība). 1113. gada 5. februārī Romas pāvests Paskāls II (it. Papa Pasquale II') apstiprināja kopienas regulu, atbrīvojot brālību no nodokļu maksāšanas.

Turpmākajos gados Hospitāliešu brālība dibināja svētceļniekiem domātus hospitāļus Eiropas ostu pilsētās — Sangilesā (Saint-Gilles), Asti (Asti), Pizā (Pisa), Barī (Bari), Otrantā (Otranto), Tarantā (Taranto), Mesinā (Messina) u.c., — kur svētceļnieki varēja sakopties, gaidīt kuģus uz Svēto Zemi, kā arī atpūsties pēc ceļojuma pār jūru.

Hospitāļa jeb Joanītu ordenis

labot šo sadaļu
 
Maltas ordeņa kaujas galeras makets

Nav zināms, kurā brīdī brālības mūki atcerējās savas krustnešu gaitas un paņēma rokās zobenus, lai ne tikai ārstētu, bet arī aizstāvētu. Pieņem, ka tas varētu būt noticis laikā no 1126. līdz 1140. gadam. Pirmās militārās funkcijas, ko sāka veikt brālības mūki-bruņinieki, bija patruļu izveidošana un svētceļnieku apsargāšana maršrutā no Jafas (Jaffa) uz Jeruzalemi (Jerusalem), kur bieži bija sastopami laupītāji. No šī laika ordeņa mestri un lielmestri bija ne tikai mūku brālības garīgie vadītāji (Religious Superiors), bet arī bruņinieku militārie komandieri (Military Commanders of the knights).

1136. gadā Jeruzalemes karalis piešķīra Ordenim Betgibelinas (Bethgibelin) cietoksni, stratēģiski svarīgu nocietinājumu uz karalistes dienvidu robežas, kurš sedza pieeju Aškalonas ostai. 1137. gadā Romas pāvests Inocents II apstiprināja izmaiņas ordeņa regulā, saskaņā ar kurām reiz ordenī iestājies brālis nedrīkstēja lauzt doto zvērestu, lai no tā izstātos — lai pamestu ordeni, nu bija nepieciešama visu brāļu piekrišana. Iestājoties ordenī bija jādod celibāta (kā mūkiem), nabadzības (atsacīšanās no privātīpašuma) un paklausības zvērestu. Hospitālieši, būdami labi administratori, piesaistīja arhitektus, celtniekus, ieroču meistarus, izveidojot virkni nocietinātu pierobežas punktu un radot robežpatruļu dienestu.

Laikā ap 1142. līdz 1144. gadiem hospitālieši bija atpirkuši 5 grāfistes Tripoles apkaimē un vienu principātu Jeruzalemes Karalistes ziemeļos. Šajā laikā Ordenis pārvaldīja aptuveni 50 nocietinātas pilis, t.sk. tik stratēģiski svarīgus cietokšņus kā Krakdeševaljē (Krak des Chevaliers (Crac)) un Margatu (Margat). Jūtot savu autoritāti un spēku, Ordenis ievērojami paplašināja savus valdījumus, bieži vien ne visai leģitīmā veidā (piemēram, padzenot benediktīniešus no sv. Latīņu Marijas abatijas Jeruzalemes centrā un pārņemot šo ēku kompleksu savā īpašumā). Ordenis ņēma aktīvu dalību praktiski visos Tuvajos Austrumos notikušajos karos un politiskajos procesos. Šajā laikā spēkā pieņēmās Ordeņa konflikts ar Tempļa ordeni, kas izvērtās par virkni bruņotām sadursmēm un pat kaujām starp abām kristīgo mūku-bruņinieku organizācijām

13. gadsimtā krustneši sāka ciest vienu sakāvi pēc otras, un arī mūku-bruņinieku ordeņi nebija izņēmums. 1244. gadā (4. Krusta kara beigās) kaujā pie Gazas hospitālieši cieta smagu sakāvi — musulmaņu gūstā krīt mestrs un liela daļa brāļu-bruņinieku. 1249. gadā Ordenis cieta sagrāvi kaujā pie Mansuras — gūstā tika saņemti mestrs un 25 augstākie Ordeņa hierarhi. 1291. gadā musulmaņu rekonkistas rezultātā krustneši no Svētās Zemes tika izdzīti pavisam, un arī hospitālieši bija spiesti vieni no pēdējiem kāpt kuģos.

Sākotnēji Ordeņa paliekas apmetās Kipras salā, kur hospitāliešiem bija plaši īpašumi. 1312. gada maijā Romas pāvests nodeva Hospitāliešu ordeņa rīcībā daļu konfiscēto likvidētā Tempļa ordeņa īpašumu. Ordenis vēl vairāk izvērsa savu labdarības misiju, kā arī īsā laikā atjaunoja savu militāro potenciālu — uzbūvēja spēcīgu kara floti cīņai ar pirātiem Vidusjūrā.

1307. (1309.?) gadā Hospitāliešu ordenis iebruka Bizantijas impērijai piederošajā Rodas salā un pēc vairāku gadu karadarbības 1309. (1312.?) gadā to anektēja. Uz salu tika pārcelts Ordeņa štābs (Convent), tur apmetās arī visa Ordeņa vadība.

Ordeņa flote kontrolēja visu Vidusjūras austrumu daļu, apkarojot musulmaņu pirātus un paši laupot sev nedraudzīgo valstu tirdzniecības kuģus un piekrastes, izvēršoties par labāk organizēto pirātu floti pasaulē. Sagūstītos iedzīvotājus vai nu pārdeva verdzībā, vai atbrīvoja pret izpirkuma maksu. 1345. gadā Ordenis sagrāba Smirnu un Mazāzijas dienvidu daļu, bet 1365. gadā Aleksandriju. Sākās pastāvīgi Ordeņa kari ar Osmaņu impēriju. 1522. gada 20. decembrī Osmaņu karaspēks ieņēma Rodas salu, kad pēdējie citadeles aizstāvji pacēla balto karogu. Sultāns atļāva Ordenim pamest salu ar visu kasi, relikvijām, bruņojumu un mantu, ko varēs paņemt līdzi kuģos — 1532. gada 1. janvārī pēdējais ordeņa brālis uzkāpa uz kuģa.

50 galerās Ordeņa vadība un brāļi vispirms devās uz Venēcijai piederošo Kandijas salu, pēc tam uz Mesinu. Vienu brīdi patvērumu tiem deva Savojas hercogs Nicā, atbalstu sniedza Romas pāvests Klements VII un bijušais Ordeņa bruņinieks Florences hercogs dei Mediči. Daudzi komandori Ordeņa kontinentālajos valdījumos ar savām teritorijām kļuva par vietējo monarhu laicīgiem vasaļiem.

Maltas ordenis

labot šo sadaļu
 
lielmestrs Žans Parizo de Valete

Sv. Romas impērijas imperators Kārlis V piedāvāja Ordenim apmesties Tripolē, kuru apdraudēja musulmaņi, taču Ordeņa vadība kategoriski atteicās apmesties tik nedrošā vietā. Galu galā imperators 1530. gada 30. martā nodeva Jeruzalemes Svētā Jāņa hospitāļa bruņinieku ordenim Maltas arhipelāgu kā lēni, kuru tas pārņēma 26. oktobrī — ik gadu Ordenim vajadzēja kā simbolisku nodevu nosūtīt imperatoram vienu medību vanagu, atzīt sevi arī par Spānijas Karalistes vasali. Šajā laikā pieņem oficiālu nosaukumu "Neatkarīgais militārais un hospitālais Maltas ordenis" (angl. The Sovereign Military Hospitaller Order Of Malta).

Turpinot pirātiskos reidus musulmaņu valstu piekrastēs, un aktīvi nodarbojoties ar vergu tirdzniecību, Ordenis neizbēgami iesaistījās militārās sadursmēs ar šīm valstīm. No lielākajām sadursmēm jāpiemin 1565. gada maiju, kad Piali kapitan-pašā vadītā flote izsēdinājusi Maltā 100 000 vīru lielu armiju (kā tik liels karaspēks satilpa 190 tā laika kuģos, avoti nemin). Salas citadeles garnizonu veidoja 400 bruņinieku un aptuveni 6000 seržantu un torkopolu, kurus komandēja lielmestrs Žans Parizo de Valete (Jean Parisot de Valette, 1494.-1568.). Kaut arī Ordenis zaudēja 240 bruņinieku un aptuveni 5000 karavīru, Malta palika neieņemta. Savukārt 1571. gadā pie Lepanto (Lepanto) Ordeņa flote smagi sagrāva Osmaņu impērijas kara floti, pārtraucot tās dominēšanu Vidusjūrā.

Taču līdz ar militārām uzvarām 16. gadsimtā sākas Ordeņa panīkuma laiks. Pieauga Inkvizīcijas ietekme, kas izsauca izteiktu brāļu nepatiku (kas izpaudās dažkārt pat fiziski), vājinājās disciplīna, pieauga nesaskaņas dažādu tautību bruņinieku grupu starpā. Reformācijas ietekmē 7 vācu komandorijas atteicās no katolicisma un izstājās no Ordeņa, izveidojot savu Sv. Jāņa bruņinieku ordeni. Lielākā daļa holandiešu brāļu pameta Ordeni. Anglijas Karalistē vispārējā katoļu vajāšanu vilnī Ordenis tika aizliegts, tā īpašumi konfiscēti. 1620. gadā Romas pāvests Urbans VIII panāca, ka Itālijas komandorus ieceļ Romas kūrija, nevis lielmestrs. 1628. gadā tika uzspiests līgums, ka laikā starp viena lielmestra nāvi un nākamā lielmestra ievēlēšanu Ordeni vada pāvests. Pēc 1631. gada lielmestra vara aprobežojās varu tikai pār divām komandorijām katrā lielpriorijā. 1634. gada 21. oktobrī Urbans VIII panāk sev tiesības noteiktos apstākļos iecelt lielmestru, Romas kūrija pārņēma vienu pēc otra Ordeņa īpašumus, kā rezultātā 17. gadsimta beigās no Maltas ordeņa neatkarības palika vairs tikai vārds nosaukumā. Trīsdesmitgadu kara kauja pie Pasarovicas (Passarowitz, 1718. g.) bija pēdējā kauja, kurā Ordenis parādās kā starptautisks militārs spēks.

Turpmāk Ordeņa militārās aktivitātes aprobežojās ar Vidusjūras austrumu daļas patrulēšanu, padzenot no tirdzniecības ceļiem pirātus. Savukārt Ordeņa pamatienākumi pēc lielākās daļas īpašumu zaudēšanas bija vergu tirdzniecība, vedot "dzīvo preci" no Āfrikas uz Ameriku.

Ordeņa sabrukums

labot šo sadaļu
 
Krievijas ķeizars Pāvils I Maltas ordeņa lielmeistara tērpā (1799).
 
Maltas ordeņa bruņinieku uniformas: 1 — pilntiesīgs bailifs, lielkrusta kavalieris; 2- pilntiesīgs bruņinieks ordeņa apmetnī; 3 — goda bailifs, lielkrusta kavalieris.

Francijā pirmo Romas katoļu baznīcas likvidēšanas vilni 1790.-1791. gados Ordenis pārlaida jo Nacionālā sapulce atzina tā nepieciešamību Republikas dienvidu piekrastes aizsardzībai pret berberu pirātiem, taču 1793. gada 10. oktobra dekrēts paredzēja visu Ordeņa īpašumu Francijā konfiskāciju. 1797. gadā Ordenis tika izsludināts ārpus likuma, bet visi tā brāļi un atbalstītāji — par revolūcijas ienaidniekiem. 1798. gada 9. jūnijā Francijas Republikas kara flote Napoleona Bonaparta vadībā ieradās Maltā. Francijas 15 līnijkuģiem un 10 fregatēm ar 15 000 vīru lielu desanta karaspēku Ordenis varēja likt pretī aptuveni 4000 bruņinieku un seržantu. 11. jūnija vakarā Ordenis kapitulēja. Kapitulācijas aktu lielmestra Ferdinanda fon Gompeša (Ferdinand von Gompesch) vietā parakstīja bailifs Mario Testeferata (Mario Testaferrata) u.c. hierarhi, kas vēlāk ļāva Ordenim apstrīdēt salas zaudēšanas tiesiskumu. Lielmeistars ar konventa locekļiem un flotes atliekām devās uz Triesti, no kurienes velti vērsās pie Eiropas valstu monarhiem pēc palīdzības.

Vienīgā valsts, kur šajā laikā it kā vērojams Ordeņa uzplaukums, bija Krievijas Impērija, kur ķeizars Pāvils I izveidoja jaunu lielprioriju. Krievijas armijas virsnieki stažējās uz Ordeņa kuģiem, brāļi-bruņinieki piedalījās Krievijas karos ar Osmaņu impēriju. Par ordeņa bruņiniekiem tika iecelta virkne krievu aristokrātu un karavadoņu (piem. Aleksandrs Suvorovs), tika izveidotas Ordeņa kūrētas militārās mācību iestādes (piem., Pāžu korpuss) utt. Tas lāva Pāvilam I pasludināt sevi par Ordeņa Protektoru, kaut saskaņā ar tā statūtiem šo amatu nevarēja ieņemt neviens nekatolis un tas bija Sv. Romas impērijas ķeizara un Abu Sicīliju karaļa Franča II tituls (taču viņš politisku apsvērumu vadīts neiebilda).

Vācu zemju lielpriors firsts Heitersheims (Haitershaim) apsūdzēja lielmestru Ordeņa interešu nodevībā un pieprasīja viņa demisiju. Neapoles karalis padzina Ordeni no savas valsts, konfiscējot tā atlikušos īpašumus. Tāpat rīkojās Toskānas hercogs un Austrijas ķeizars. 1799. gada 6. jūlijā Sv. Romas impērijas ķeizars Francis II pieprasīja Ordeņa lielmestra (kā sava vasaļa) atkāpšanos no amata. Savukārt jau 1798. gada 10. septembrī Krievijas Impērijas ķeizars Pāvils I paziņoja, ka uzņemas pār Ordeni "aizgādību" un ar Ordeņa vēstnieka, beilifa tēva Džulio Areses (Fra Giulio Litta-Visconti-Arese) palīdzību tika ievēlēts par Krievijas lielpriorijas lielmestru. Pēc tam Vācijas, Bohēmijas, Bavārijas, Neapoles, Sicīlijas, Venēcijas, Portugāles, Lombardijas un Pizas lielprioriju vadītāji ievēlēja Pāvilu I par Ordeņa lielmestru (rakstisku pāvesta apstiprinājumu jaunais lielmestrs nesaņēma). Viņš parakstīja rīkojumu (указ) "Par Maltas salas uzņemšanu Krievijas aizsardzībā" un izsludināja Maltu par Krievijas Impērijas guberņu. Nākamais Krievijas Impērijas ķeizars Aleksandrs I atteicās no lielmestra titula, un 1811. gada 2. decembrī aizliedza Ordeņa darbību Krievijas Impērijā.

1803. gada 9. februārī pāvests Pijs VII par Ordeņa lielmestru iecēla Džovanni Tomazi (Giovanni-Battista Tommasi), kurš pārcēla Ordeņa rezidenci vispirms uz Katāniju, pēc tam uz Mesīnu Sicīlijā, iepriekšējais lielmestrs Gompešs mira 1805. gada 12. maijā galējā nabadzībā, visu pamests. Maltas salu pēc Napoleona sagrāves 1814. gada 30. martā anektēja Lielbritānijas impērija.

19. gadsimta sākumā Ordenis bija izputējis un to uzturēja tikai ienākumi no vergu tirdzniecības. Maltas sala nebija atgūstama. Vairs nebija ne karaspēka, ne flotes. Lielmestra vairs nebija — Ordeni vadīja Romas pāvesta iecelts mestra leitnants. Šajā laikā strauji samazinājās pilntiesīgo bruņinieku skaits, taču pieauga to īpatsvars, kuri vēlējās saņemt t.s. Padevības Krustu, t.i. kļūt par padevīgo bruņinieku. Tā kā šādi Ordeņa "goda brāļi" par titulu maksāja ievērojamu naudas summu, pēc flotes zaudēšanas un vergu tirdzniecības aizlieguma tirdzniecība ar tituliem kļuva par vienu no Ordeņa pamatienākumiem.

1831. gadā Ordeņa galveno rezidenci pārcēa uz Romu, bijušo Ordeņa vēstnieka rezidenci Maltas laukumā uz Kondoti ielas (Palazzo Malta on the via Condotti).

19. gadsimta otrajā pusē Ordenis atteicās no mēģinājumiem atgūt zaudētās teritorijas un militāro potenciālu, pievēršoties tam, ar ko sāka: labdarībai un medicīnai. 1876. gadā Ordenis kā "lielākā starptautiska neatkarīga katoliska labdarības un hospitālā organizācija" Tanturā (Tantur) — pusceļā starp Jeruzalemi un Betlemi izveidoja slimnīcu. 1879. gadā ar rīkojumu Inclytum antiquitate originis Romas pāvests Leo XIII apstiprināja Ordeņa lielmestra titula atjaunošanu. 1905. gadā tiek izveidota Ordeņa amerikāņu asociācija.

1910. gadā Ordenis izveidoja kara lauka hospitāļu sistēmu, kurai bija liela loma dzīvību glābšanā 1912. gada Itālijas karā Lībijā, pēc tam darbojās visās Pirmā pasaules kara frontēs. 1930. gados Ordenis dibina virkni katolisko misiju un hospitāļu Eiropas valstu kolonijās Āfrikā, Dienvidaustrumāzijā un Dienvidamerikā. 1933. gadā tika izveidota Medicīnas un ķirurģijas misionāru skola (Missionary School of Medicine and Surgery), kurā izglītību guva Ordeņa misiju medicīniskais personāls. Liela loma Ordeņa hospitāļiem un palīdzībai bija arī Otrajā pasaules karā — Ordeņa hospitāļi darbojās Polijā, Vācijā, Čehoslovākijā, Austrijā, — kaut arī politisku iemeslu dēļ tā darbību ierobežoja abas karojošās nometnes. Savā darbībā Ordenis pilnībā pārorientējās uz medicīnisko palīdzību un labdarību, kas nodrošināja tam valstu un sabiedrības atbalstu, Ordeņa skaitliskā sastāva palielināšanos, finansiālo resursu pieaugumu.