1680. gadā Vecsubates miestam piešķīra Magdeburgas tiesības. 1723. gadā jezuīti uzcēla jaunu koka dievnamu, ko atjaunoja 1763. gadā. 1773. gadā jezuīti izbeidza savu misiju Subatē, viņu vietā ieradās lazaristi no Ilūkstes. No Ilūkstes apriņķa austrumu daļas Subatē ieceļoja Krievijā vajātie vecticībnieki.
1831. gadā pie tirgus laukuma uzcēla tagadējo Subates katoļu baznīcu. Pēc dzimtbūšanas atcelšanas Krievijas impērijā 1861. gadā (Kurzemes guberņā tā bija atcelta jau 1817. gadā) Subatē strauji pieauga iedzīvotāju skaits, īpaši uz ebreju ieceļotāju rēķina.
1894. gadā administratīvi apvienoja Vecsubates un Jaunsubates miestus, izveidojot Subates miestu ar ierobežotām pilsētas tiesībām. 1917. gadā Subatei piešķīra pilsētas tiesības.