Studēja Kijivas-Mohilas akadēmijā (1734—1741, 1744—1745, 1751—1753). No 1741. līdz 1744. gadam kā galma dziedātājs dzīvoja Sanktpēterburgā un Maskavā. No 1745. līdz 1750. gadam uzturējās Ungārijā un, iespējams, citās Eiropas valstīs. No 1750. līdz 1751. gadam bija pasniedzējs Perejaslavas garīgajā seminārā, kādu laiku uzturējās Trīsvienības-Sergija lavrā. Pēc tam ar pārtraukumiem dzīvoja Harkivā. No 1769. gada lielākoties ceļoja pa draugu un piekritēju mājvietām, līdz pat nāvei nekur ilgi neuzturoties. Pēc leģendas miris drauga, muižnieka mājās, pats pirms tam izrakdams savu kapu. Uz kapa pieminekļa licis uzrakstīt — "Pasaule ķēra mani, bet nenoķēra".
Skovoroda rakstīja savus darbus vairākās valodās — latīniski, grieķiski, baznīclāvu valodā, tomēr vairums darbu sarakstīti valodā, kurā, iespējams, runāja tālaika Slobodas Ukrainā, atkarībā no konteksta to var uzskatīt par ukraiņu vai krievu valodas paveidu. Sekulāro un reliģisko varas iestāžu opozīcijas dēļ Skovorodas pirmais darbs publicēts tikai pēc viņa nāves, 1798. gadā, bet pilnie kopotie raksti Sanktpēterburgā 1861. gadā.