Haplogrupa

Haplogrupa (no grieķu: ἁπλούς (haploûs) — 'viens, vienkāršs') molekulārajā evolūcijā ir līdzīgu haplotipu grupa, kurai ir kopējs sencis, esot vienādai viena nukleotīda polimorfisma (VNP) mutācijai visos haplotipos. Haplogrupas apzīmē ar alfabēta burtiem, papildinot ar skaitļu un burtu kombinācijām, piemēram, R1c1.

Cilvēka ģenētikā biežāk pētītās haplogrupas ir Y-hromosomas (Y-DNS) haplogrupas un mitohondriālās DNS (mtDNS) haplogrupas. Y-DNS tiek nodota pa tēva līniju (no tēva dēliem), bet mtDNS tiek nodota pa mātes līniju (no mātes abu dzimumu bērniem). Ar tām nenotiek rekombinācija, tādējādi Y-DNS un mtDNS izmaiņas notiek tikai mutāciju veidā.

Klasifikācija

Cilvēka Y-hromosomas DNS haplogrupas

Cilvēka Y-hromosomas DNS haplogrupas tiek apzīmētas ar burtiem no A līdz T un tālāk sadalītas, pievienojot ciparus un mazos burtus.

Cilvēka Y-hromosomas (Y-DNS) haplogrupu evolūcijas koks
Cilvēka Y-hromosomas minimālo atšķirību filoģenētika (2013. gada 4. decembra versija)
	Y-hromosomas Ādams
		A0	A1'2'3'4
			A1	A2'3'4
				A2'3		A4
					B		CDEF
							DE		CF
					D		E	C		F
										G	HIJKLT
											H		IJKLT
												IJ			KLT
											I	J		LT	K
														L	T	MP	NO	S
																		M	P		N	O
																				Q	R

Y-hromosomas Ādams ir pētnieku dots vārds vīrietim, kurš ir dzīvo cilvēku pēdējais kopējais sencis.

Lielākās Y-hromosomas haplogrupas un to sastopamības ģeogrāfiskie reģioni (pirms nesanās eiropiešu kolonizācijas):

Dominējošās Y-hromosomas haplogrupas (vīriešu līnija) pirmskoloniālajā pasaules populācijā ar iespējamiem migrācijas ceļiem saskaņā ar piekrastes migrācijas modeli

Grupas bez mutācijas M168

Haplogrupa A (M91) (Āfrika, īpaši koisani, etiopieši un nīloti)
Haplogrupa B (M60) (Āfrika, īpaši pigmeji un hadzabe)

Grupas ar mutāciju M168

(mutācija M168 notikusi ~50 000 bp)

Haplogrupa C (M130) (Okeānija, Ziemeļ/Centrāl/Austrum Āzija, Ziemeļamerica un neliela sastopamība Dienvidamerikā, Dienvidāzijā, Rietumāzijā un Eiropā)
Haplogrupa F (M89) Okeānija, Eiropa, Āzija, Ziemeļ- un Dienvidamerika
YAP+ haplogrupas
- Haplogrupa DE (M1, M145, M203)
  - Haplogrupa D (M174) (Tibeta, Japāna, Andamanu salas)
  - Haplogrupa E (M96)
    - Haplogrupa E1b1a (V38) Rietumāfrika un apkārtējie reģionis; agrāk zināma kā E3a
    - Haplogrupa E1b1b (M215) Austrumāfrika, Ziemeļāfrika, Vidējie Austrumi, Vidusjūra, Balkāni; agrāk zināma kā E3b

Grupas ar mutāciju M89

(mutācija M89 notikusi ~45 000 bp)

Haplogrupa F (P14, M213) (Dienvidindija, Šrilanka, Ķīna, Koreja)
Haplogrupa G (M201) (parādās daudzām etniskajām grupām Eirāzijā, parasti ar mazu sastopamību; visbiežāk sastopama Kaukāzā, Irānas plato un Anaolijā; Eiropā galvenokārt Grieķijā, Itālijā, Ibērijas pussalā, Tirolē, Bohēmijā; ļoti reti Ziemeļeiropā)
Haplogrupa H (M69) (Indija, Šrilanka, Nepāla, Pakistāna, Irāna, Centrālāzija un Arābija)
Haplogrupa IJK (L15, L16)

Grupas ar mutācijām L15 un L16

Haplogrupa IJK (L15, L16)
- Haplogrupa IJ (S2, S22)
  - Haplogrupa I (M170, P19, M258) (plaši sastopama Eiropā, dažreiz sastopama Vidējos Austrumos)
    - Haplogrupa I1 (M253, M307, P30, P40) (Ziemeļeiropa)
    - Haplogrupa I2 (S31) (Centrāleiropa un Dienvidaustrumeiropa, Sardīnija)
  - Haplogrupa J (M304) (Vidējie Austrumi, Turcija, Kaukāzs, Itālija, Grieķija, Balkāni, Ziemeļāfrika un Ziemeļaustrumāfrika)
    - Haplogrupa J* (galvenokārt atrasta Sokotrā ar dažiem novērojumiem Pakistānā, Omānā, Grieķijā, Čehijā un tjurkiem)
    - Haplogrupa J1 (M267) (galvenokārt saistīta ar semītiem Vidējos Austrumos, Etiopijā un Ziemeļāfrikā, Irānā, Pakistānā, Indijā un Ziemeļaustrumu Kaukāza tautām Dagestānā; J1 ar DYS388=13 ir saistīta ar austrumu Anatoliju)
    - Haplogrupa J2 (M172) (galvenokārt atrasta Rietumāzijā, Centrālāzijā, Dienvideiropā un Ziemeļāfrikā)
- Haplogrupa K (M9, P128, P131, P132)

Grupas ar mutāciju M9

(mutācija M9 notikusi ~40 000 bp)

Haplogrupa K
- Haplogrupa LT (L298/P326)
  - Haplogrupa L (M11, M20, M22, M61, M185, M295) (Dienvidāzija, Centrālāzija, Dienvidrietumāzija, Vidusjūra)
  - Haplogrupa T (M70, M184/USP9Y+3178, M193, M272) (Ziemeļāfrika, Āfrikas rags, Dienvidrietumāzija, Vidusjūra, Dienvidāzija); agrāk zināma kā Haplogrupa K2
- Haplogrupa K(xLT) (rs2033003/M526)

Grupas ar mutāciju M526

- Haplogrupa M (P256) (Jaungvineja, Melanēzija, Austrumindonēzija)
- Haplogrupa NO (M214)
  - Haplogrupa N (M231) (Ziemeļeirāzija, īpaši somugriem)
  - Haplogrupa O (M175) (Austrumāzija, Dienvidaustrumāzija, Klusā okeāna dienvidi, Dienvidāzija, Centrālāzija)
    - Haplogrupa O1 (MSY2.2)
    - Haplogrupa O2 (P31, M268)
    - Haplogrupa O3 (M122)
- Haplogrupa P-M45 (M45) (M45 notikusi ~35000 bp)
  - Haplogrupa Q-M242 (M242) (notikusi ~1000 — 20 000 pb; atrasta Āzijā un Amerikā)
    - Haplogrupa Q-M3 (M3) (Ziemeļmerika, Centrālmerika un Dienvidmerika)
  - Haplogrupa R (M207)
    - Haplogrupa R1 (M173)
      - Haplogrupa R1a (M17) (Centrālāzija, Dienvidāzija un Centrāl-, Ziemeļ- un Austrumeiropa)
      - Haplogrupa R1b (M343) (Eiropa, Kaukāzs, Centrālāzija, Dienvidāzija, Ziemeļāfrika, Centrālāfrika)
    - Haplogrupa R2 (M124) (Dienvidāzija, Kaukāzs, Centrālāzija)
- Haplogrupa S (M230, P202, P204) (Jaungvineja, Melanēzija, Austrumindonēzija)

Cilvēka mitohondriālās DNS haplogrupas

Cilvēka mitohondriālās DNS (mtDNS) haplogrupas tiek apzīmētas ar burtiem no A līdz Z ar papildu cipariem.

Jaunākā mtDNS koka versija (sastādījis Mannis van Oven PhyloTree vietnē.^[1]

Cilvēka mitohondriālās DNS (mtDNS) haplogrupu evolūcijas koks

Mitohondriālā Ieva (L)

L0

L1-6

L1

L2

L3

L4

L5

L6

M

N

CZ

D

E

G

Q

A

S

R

I

W

X

Y

C

Z

B

F

R0

pre-JT

P

U

HV

JT

K

H

V

J

T

Mitohondriālā Ieva ir pētnieku dots vārds sievietei, kura ir dzīvo cilvēku pēdējais kopējais sencis pēc sieviešu līnijas.

Populāciju definēšana

Cilvēka mitohondriālās DNS haplogrupu (sieviešu līnija) migrācijas karte ar krāsainām atzīmēm par izplatības periodiem tūkstošos gadu pirms mūsdienām

Haplogrupas var izmantot, lai noteiktu ģenētiskās populācijas un bieži tās ir ģeogrāfiski orientētas. Piemēram, sekojošas mtDNS haplogrupas sastopamas:

Āfrikā: L0, L1, L2, L3, L4, L5, L6;
Rietumeirāzijā: H, T, U, V, X, K, I, J, W (tās visas mantotas no makrohaplogrupas N);
Austrumāzijā: A, B, C, D, E, F, G, Y, Z (no tām C, D, E, G un Z mantotas no makrohaplogrupas M);
Amerikā: A, B, C, D, X;
Austrālijā — Melanēzijā: P, Q, S.

Mitohondriālās haplogrupas ir sadalītas trīs galvenajās grupās: L, M un N. Cilvēce L grupā vispirms sadalījās L0 un L1-6. Savukārt L1-6 vēlāk sadalījās citās L grupās, no kurām L3 sadalījās M un N grupā.

M grupa bija tā, kas veica cilvēku pirmo migrācijas vilni no Āfrikas, dodoties uz austrumiem pa dienvidu piekrasti. No M radušās haplogrupas ir sastopamas Austrumāfrikā, Āzijā, Amerikā un Melanēzijā, bet gandrīz neviena nav atrasta Eiropā.

N grupa rāda otro migrācijas vilni no Āfrikas, kad gājis uz ziemeļiem. Īsi pēc migrācijas no N atdalījusies liela R haplogrupa. Haplogrupa R sastāv no divām apakšgrupām. Viena sastopama Āzijā un Okeānijā, bet otra pārstāv gandrīz visas Eiropas populācijas.

L grupa

Makro haplogrupa L sastopama gandrīz visā Āfrikā.

M grupa

M grupa sastāv no:

M1 — populācijas Etiopijā, Somālijā un Indijā
CZ — daudzi Sibīrijas iedzīvotāji
- C — dažas Amerikas indiāņu populācijas
- Z — daudzas sāmu, dažas Ziemeļķīnas, dažas Centrālāzijas populācijas
D — dažas Amerikas indiāņu, daudzas Sibīrijas un Austrumāzijas populācijas
E — Malaja, Borneo, Taivānas pirmiedzīvotāji, Papua Jaungvineja
G — daudzas Ziemeļsibīrijas, Ziemeļāzijas un Centrālāzijas populācijas
Q — Melanēzija, Polinēzija, Jaungvineja

N grupa

N grupa sastāv no:

A — dažas Amerikas indiāņu, Japānas un Korejas populācijas
I — 10 % sastopamība Ziemeļeropā un Austrumeiropā
S — dažas Austrālijas aborigēnu populācijas
W — dažas Austrumeiropas, Dienvidāzijas un Dienvidaustrumāzijas populācijas
X — dažas Amerikas indiāņu, Dienvidsibīrijas, Dienvidrietumāzijas un Dienvideiropas populācijas
Y — vairums nivhu un daudzi aini, 1 % Dienvidsibīrijā
R apakšgrupas:
- B — dažas Ķīnas, Tibetas, Mongolijas, Centrālāzijas, Korejas, Amerikas indiāņu, Dienvidsibīrijas, Japānas un Austronēzijas populācijas
- F — galvenokārt atrodama Dienvidaustrumāzijā, īpaši Vjetnamā; 8,3 % Hvaras salā Horvātijā
- R0 — Arābijā, Etiopijā un Somālijā
  - HV — Eiropā, Rietumāzijā un Ziemeļāfrikā
- pre-JT — Libānā; 25 % beduīnu populācijās
  - JT — Ziemeļeiropā, Austrumeiropā, Indijā, Vidusjūrā
  - U — augsta sastopamība Skandināvijā, Baltijas valstīs, Vidusjūrā

Y-hromosomas un mitohondriālās DNS haplogrupu pārklāšanās

Atsevišķas Y-hromosomas haplogrupas un atsevišķas mitohondriālās DNS haplogrupas pārklājas, parādot poputācijas, kurām ir īpašas Y-hromosomas haplogrupas un mitohondriālās DNS haplogrupas kombinācija. Y-hromosomas un mitohondriālās DNS mutācijām nebija jānotiek vienlaicīgi, un abu dzimumu izlases dažāds ātrums kopā ar dibinātāja efektu un gēnu dreifu varēja izmainīt populācijas haplogrupas sastāvu, tādēļ pārklāšanās ir tikai uzmetums.

Iespējamās Y-hromosomas un mitohondriālās DNS haplogrupu pārklāšanās:

Y-hromosomas DNS haplogrupa(s)	mitohondriālās DNS haplogrupa(s)	Ģeogrāfiskais reģions un/vai tautas
A	L0	Austrumāfrika un Dienvidāfrika
B	L1, L4	Austrumāfrika un Vidusāfrika
E	L2, L3	Āfrika
D, O, N, C3	CZ/C/Z, D, G (M tipi); A, N9/Y (N tipi); B, F (R tipi)	Austrumāzija, Sibīrija
K, M (M9-positive, M45-negative)	B, P (R types); N; Q (M type) as well as various Oceanian-specific M subclades	Okeānija
R, I, T, J, E (V13, M81, M123 tipi)	R0, HV/H/V, JT/J/T, U/K (R tipi)	Dienvidāzija, Eiropa, Rietummāzija, Ziemeļāfrika, Āfrikas rags
Q, C3	A, X (N tipi); C, D (M tipi)	Sibīrijas galējie austrumi, Amerika

Atsauces

↑ PhyloTree.org

Ārējās saites

Family Tree DNA: Y-DNA Haplotree
Family Tree DNA: mtDNA Haplotree
YFull: YTree
YFull: MTree
Phylotree: mtDNA Tree
World Families Network Arhivēts 2016. gada 10. jūnijā, Wayback Machine vietnē.

[PhyloTree.org-1] PhyloTree.org

[1]