Haplogrupa E jeb E-M96 ir cilvēka Y-hromosomas DNS haplogrupa, kas atrodama gan Āfrikas, gan Eirāzijas pirmiedzīvotājiem. Paleoģenētiskie pētījumi liecina par to, ka tā radusies pirms vismaz 70 tūkstošiem gadu.

Haplogrupas E migrācijas ceļi.


Cilvēka Y-hromosomas (Y-DNS) haplogrupu evolūcijas koks
Y-hromosomas Ādams
A0 A1'2'3'4
A1 A2'3'4
A2'3 A4
B CDEF
DE CF
D E C F
G HIJKLT
H IJKLT
IJ KLT
I J LT K
L T MP NO S
M P N O
Q R