Juris Zvirgzdiņš uzaudzis Rīgā. 1960. gadā beidzis Rīgas republikānisko neklātienes vidusskolu. No 1962. līdz 1965. gadam ar pārtraukumiem studējis Latvijas Valsts universitātes Vēstures un filozofijas fakultātē. Studiju laikā strādājis par krāvēju, noliktavas pārzini, sargu un citus darbus. Literāras publikācijas kopš 1982. gada. No 1990. līdz 1995. gadam redaktors apgādā "Vaga", no 1995. līdz 1999. gadam — apgādā "Artava".[1]
Kopā ar Vladi Spāri un Lienīti Medni sarakstījis romānu "Odu laiks" (1. daļa periodikā 1989, grāmatā 1994; 2. daļa 2009), kopā ar Ingunu Cepīti sarakstījis grāmatas bērniem "Tobiass un Tama lielajā Eiropas bibliotēku ceļojumā. No Rīgas līdz Rīgai" (2014) un "Stāsti par Rīgas vēsturi. Cekulaina zīle dzied..." (2015). Žurnāla "Karogs" un R. Gerkena romānu konkursā apbalvots romāns "Fon Mērkatces kunga memuāri" (2003). Saņēmis Literatūras gada balvu bērnu literatūras nominācijā par grāmatām "Bebru atgriešanās" (2001) un "Tobiass dodas pasaulē" (2005), kā arī 2013. gada Jāņa Baltvilka balvu par grāmatām "Rīgas runča Maurīcija piedzīvojumi", "Kad muzejā iespīd Mēness jeb Tobiass un draugi sargā Rīgas vēsturi" un "Seši stāsti par ASV vēsturi". Saņēmis 2001. gada Pastariņa prēmiju, kā arī 2009. gada Pastariņa prēmiju par grāmatām "Mūsu Latvija", "Knorke jeb Tobiass un Fufū meklē Mocartu" un "Konteineru meitenīte Rudīte". No darbiem pieaugušo auditorijai minams stāstu krājums " Atgriešanās Itakā", romāns "Dancis uz virves" (2015), īpaši izceļams ironisko eseju krājums "Esse un...", kas pirmo izdevumu piedzīvojis 1992. gadā, bet ar nosaukumu "Esse un... un..." kā atkārtots, papildināts izdevums ar paša autora vāka ilustrācijām izdots 2020. gadā.[2] Izdotas vairāk nekā 30 grāmatas, kas tulkotas vācu, somu, angļu, bulgāru, krievu, armēņu u.c. valodās. Grāmata "Lauvas rūciens" Somijā bibliotēku aptaujā iekļuvusi 5 interesantāko grāmatu sarakstā. 2020. gadā saņēmis Latvijas Literatūras gada balvas Mūža balvu par izcilu ieguldījumu Latvijas bērnu literatūrā.[3]
2021. Zvirgzdiņš nominēts Itālijas literārajai prēmijai Premio Strega par izdevniecībā "Sinnos" klajā laisto grāmatu bērniem "Mufa. Stāsts par Āfrikas balto degunradzēnu" (Rinoceronte alla riscossa), ko itāļu valodā tulkojusi Margerita Karbonaro.
