Igaunijas klimats ir samērā maigs, jo Igauniju (un visu Ziemeļeiropu) nepārtraukti silda jūras gaiss, ko ietekmē Atlantijas okeāna ziemeļdaļa. Līdz ar to Baltijas jūra rada atšķirības starp piekrastes un iekšzemes teritoriju klimatu.

Igaunija atrodas mērenā klimata joslas ziemeļu daļā un pārejas zonā starp jūras un kontinentālo klimatu. Igaunijā ir četri gandrīz vienāda garuma gadalaiki. Gada vidējā temperatūra svārstās no 17,8 °C Baltijas jūras salās līdz 18,4 °C iekšzemē jūlijā, gada siltākajā mēnesī,[1] un no −1,4 °C Baltijas jūras salās līdz −5,3 °C gada aukstākajā mēnesī — februārī.[1]

Mežs Endlas dabas rezervātā
Ziema Igaunijas priežu jaunaudzē

Vidējā gada temperatūra Igaunijā ir 6,4 °C.[1] Klimatu ietekmē arī Atlantijas okeāns, tā Ziemeļatlantijas straume un Islandes minimums — zona, kas pazīstama ar ciklonu veidošanos un kur vidējais gaisa spiediens ir zemāks nekā blakus apgabalos. Igaunija atrodas mitrā zonā, kurā nokrišņu daudzums ir lielāks nekā kopējā iztvaikošana. Vidējais nokrišņu daudzums 1991. — 2020. gadā svārstījās no 573 līdz 761 milimetriem gadā un visspēcīgākais bija vasaras beigās.[2] Gadā bija no 102 līdz 127 lietainām dienām, un augstākais vidējais nokrišņu daudzums bija reģistrēts Sakalas un Hānjas augstieņu rietumu nogāzēs.

Igaunijas meteoroloģiskie dati
Mēnesis Jan Feb Mar Apr Mai Jūn Jūl Aug Sep Okt Nov Dec Gads
Dienas vidējā temperatūra °C (°F) −3.1
(26.4)
−3.8
(25.2)
−0.6
(30.9)
4.9
(40.8)
10.5
(50.9)
14.8
(58.6)
17.8
(64)
16.7
(62.1)
12.2
(54)
6.7
(44.1)
2.1
(35.8)
−1.0
(30.2)
6.4
(43.5)
Nokrišņu daudzums mm (collas) 49
(1.93)
39
(1.54)
35
(1.38)
34
(1.34)
42
(1.65)
70
(2.76)
67
(2.64)
81
(3.19)
58
(2.28)
72
(2.83)
61
(2.4)
53
(2.09)
 662
(26,03)
Avots: http://www.ilmateenistus.ee/kliima/kliimanormid/ohutemperatuur/?lang=en

Pavasaris parasti ir sauss un maigs. Aprīļa laika apstākļi var būt ļoti mainīgi, mēneša pirmajā pusē dažkārt var būt sniegotas dienas, bet tajā pašā laikā dažreiz ir iespējams piedzīvot dienas, kad temperatūra paaugstinās virs 20 °C. Pavasarī siltāks ir iekšzemes apgabalos Igaunijas dienvidos, bet vēsāks piekrastē. Siltākais pavasara mēnesis ir maijs, kad pienāk pirmie sasilšanas viļņi un temperatūra var sasniegt 20-30 °C. Pērkona sezona sākas aprīlī.

Igaunijas dienvidos un austrumos vasaras ir maigas, siltākas, salās vēsākas. Dažās dienās temperatūra var sasniegt līdz 30-35 °C, bet parasti tā ir tuvu 20 °C. Gada siltākais mēnesis ir jūlijs, bet maksimālās gaisa temperatūras rekords (35,6 °C) reģistrēts augustā. Pērkona negaiss parasti novērojams pēcpusdienā.

Rudens ir slapjš un vējains. Septembra pirmā puse var būt silta. Daudzi cikloni šķērso visu Skandināviju un atnes Igaunijā spēcīgas lietavas ar pērkona negaisu. Dažkārt vētrās vēja ātrums var pārsniegt 35 m/s, izraisot plūdus piekrastes apgabalos. Pirmais sniegs parasti uzkrīt oktobra beigās vai novembrī.

Ziemā Igaunijas austrumos ir vēsāks, piekrastes rajonos siltāks. Aukstākie ziemas mēneši ir janvāris un februāris: dažkārt naktīs temperatūra var pazemināties līdz −35 °C. Zemākais temperatūras rekords ir −43,5 °C. Cikloni var radīt sniega vētras. Dažkārt jūras ietekmē Igaunijā uzsnieg vairāk sniega.

Visspēcīgākais vējš (48 m/s) novērots 1969. gadā Roņu salā.