MySQL Cluster izmanto sinhrono replikāciju caur divfāžu saskaņošanas mehānismu, lai nodrošinātu datu ierakstīšanu vairākos mezglos līdz saskaņošana būs noslēgta. (Tas ir pretēji "MySQL Replication[novecojusi saite]", kas ir asinhrona.) Kopumā ir nepieciešamas divas datu kopijas (replicas), lai garantētu augstu pieejamību. Turklāt klāsteri ir iespējams nokonfigurēt līdz 4 kopiju glabāšanai.

Sākot ar MySQL 5.1, ir parādījusies iespēja veikt replikāciju starp klāsteriem, ko sauc arī par "MySQL Cluster Replication" vai ģeogrāfisko replikāciju. Sīkāk var izlasīt šeit MySQL Cluster Replication.