Mars 1969B bija vēl neveiksmīgāks par pirmo "pārinieku" "Mars 1969A". Uzreiz pēc starta eksplodēja viena no sešām nesējraķetes raķešsprauslām, taču starts turpinājās un pastiprinot jaudu atlikušajās piecās raķešsprauslās izdevās iegūt nepieciešamo starta jaudu. Apmēram 25 sekundes vēlāk, kad raķete atradās kilometra augstumā, nesējraķete sāka nosvērties uz vienu sānu - visi dzinēji tika atslēgti un 41 sekundi pēc starta raķete nogāzās apmēram 3 kilometru attālumā no starta vietas.

"Mars 1969B" uzdevumi bija tādi paši kā "Mars 1969A".