Klubs tika dibināts 1909. gada 9. septembrī kā Levante Fútbol Club, nosaukums Levante tika aizgūts no vietējās pludmales. Sākotnēji komanda piedalījās reģionālajā Valensijas līgā, 1927.-1928. sezonā izcīnot 1. vietu. 1935. gadā Spānijas kausā klubs aizkļuva līdz pat pusfinālam, uzvarot tādas komandas kā Valencia CF un FC Barcelona. 1937. gadā tika izcīnīts Brīvās Spānijas kauss. Spānijas pilsoņu kara laikā tika nopostīts kluba stadions, bet citam pilsētas klubam Gimnástico gāja bojā lielākā daļa no komandas spēlētājiem. Rezultātā abi klubi 1939. gadā nolēma apvienoties ar nosaukumu Unión Deportiva Levante-Gimnástico, divus gadus vēlāk to nomainot uz Levante Unión Deportiva.[1]
Pirmo reizi Spānijas futbola čempionāta Pirmajā divīzijā klubs iekļuva 1963. gadā un debijas sezonā (1963.-1964.) ierindojās 10. vietā, uzvarot abās spēlēs ar otru pilsētas klubu un principiālākajiem konkurentiem Valencia CF. Tomēr jau nākamajā sezonā komanda ierindojās tikai 14. vietā un pēc pārspēlēm Pirmo divīziju atstāja.
Vēlāk komanda ilgstoši spēlēja zemākajās līgās, Pirmajā divīzijā atgriežoties vien 2004. gadā. Augstākais sasniegums Spānijas čempionātā tika izcīnīts 2011.—2012. gada sezonā — 6. vieta, kas pirmo reizi kluba vēsturē nodrošināja kvalificēšanos UEFA Eiropas līgai. 2012.—2013. gada sezonā UEFA Eiropas līgā komanda nokļuva līdz astotdaļfinālam, kur divu spēļu summā piekāpās Kazaņas "Rubin" no Krievijas.[2]