Ontoģenēze (grieķu: on (ontos) - esošais, genesis - izcelsme) ir organisma individuālā attīstība. Tā vairumam organismu sākas no zigotas izveidošanās un turpinās līdz organisma bojāejai jeb nāvei. Ontoģenēzes laikā realizējas ģenētiskā informācija, kas iegūta no vecākiem.

Daudzšūnu dzīvniekiem izšķir embrionālo un postembrionālo ontoģenēzes pamatfāzi. Dzīvdzemdējošiem dzīvniekiem izdala prenatālo (pirms dzimšanas) fāzi un postnatālo (pēc dzimšanas) ontoģenēzes fāzi.

Ontoģenēzes terminu pirmais ieviesa vācu dabaszinātnieks un filozofs Ernsts Hekelis (Ernst Heinrich Philipp August Haeckel) 1866. gadā.